6月3日0-24时，全省新增本土确诊病例7例，广州报告6例，佛山报告1例；另有本土无症状感染者转确诊病例2例，广州报告。新增本土无症状感染者1例，广州报告。全省新增境外输入确诊病例2例，广州报告，分别来自柬埔寨与菲律宾。新增境外输入无症状感染者3例，广州报告2例，分别来自柬埔寨与土耳其；肇庆报告1例，来自美国。
截至6月3日24时，全省累计报告新冠肺炎确诊病例2509例（境外输入1042例）。目前在院113例。全国新冠疫苗累计接种超7亿剂次。据国家卫健委网站消息，截至2021年6月2日，31个省（自治区、直辖市）和新疆生产建设兵团累计报告接种新冠病毒疫苗70482.6万剂次。
2021年6月3日，在上海举行的2021浦江创新论坛全体大会上，中国工程院院士、军事科学院研究员陈薇透露，一款不用打针的吸入式新冠疫苗已获得药物临床试验批件，正在申请紧急使用。
陈薇指出，其团队已于去年8月份最早发表非注射疫苗的研究结果，去年9月29日在武汉开展吸入式疫苗临床实验。她指出，该疫苗仅为五分之一施打型疫苗的剂量，不用一瓶一瓶装，可以解决瓶子不够的瓶颈问题。疫苗雾化吸入后形成黏膜免疫。陈薇透露，目前药监局批准了该疫苗扩大临床的批件，现在正在申请紧急使用，使一些不愿意打的或者打完以后需要加强的，可有另外的方式进行接种。除了谈及疫苗进展，陈薇表示：“已依托单细胞快速抗体原创性筛选平台，推断新冠的受体不应该是唯一的，这个想法也在上海复旦大学团队得到了验证，我们抗体能够抑制受体的活性。”
6月3日，广州新冠肺炎定点收治医院、广州医科大学附属市八医院（广州市第八人民医院）院长雷春亮接受媒体采访说，与广州此前疫情相比，本次疫情的变异株呈现毒力更强的特点，针对变异株毒力强的情况，要引起高度关注。在3日举行的广州市政府新闻发布会上，广州市和荔湾区有关方面回应个别封闭管理区域物资供应问题，表示居民反映的配送物资定价不合理问题主要出在物资配送环节上，市区正在想方设法保障物资供应，现已建立起相关供应模式。广州市市场监管局副局长杨延晖说，近两天，该局和荔湾区市场监管局高度重视封闭区域内保供稳价工作，收到有关反映中南街海南村、菊树村供应物资价格舆情后，迅速了解到居民反映的配送物资定价不合理问题主要出在物资配送环节上，已向相关部门建议提供多样化选择。目前，广州供销社菜篮子小程序已提供了多款生鲜套餐不同选择，新供应的物资也更为实惠。
荔湾区常务副区长林隽说，当前荔湾区有三条街纳入封闭管理区，对封闭区的服务人数增至18万人。市区正在想方设法保障物资供应，现在已经建立起“1+3+3+N”的供应模式，即一个国企对接一个街道，一个街道安排3台以上流动供应车，一个街道安排3个以上临时供应点，N个社会销售平台参与供应。
林隽说，目前还有市民反映配送时间较长、部分物资转运不畅、有些群众要求的慢性病药品配送还不够快、有些价格和部分家庭需求匹配还存在差距等。“对于上述问题，我们焦急万分，正努力把工作做得更细更实一些。”
据林隽介绍，相关工作包括：配送的组合力求更丰富，采用大、中、小、微几种包装组合；在可选择方面，给居民印制了生活用品App宣传册；针对药品配送，采取电话收集需求和App平台下单，进行统一配送；针对不会用手机的或者没有智能手机的老人家、困难群众等，将安排“三人小组”上门匹配。林隽说，此外还将动员更多的快递、外卖参与，让群众有更多选择；增加对困难群众的探视，为生活困难群众提供生活用品。
据广州市疫情防控新闻发布会报道，广州市荔湾区（北片区）的西村街、南源街、桥中街、昌华街、彩虹街、逢源街、多宝街、沙面街、岭南街、华林街、龙津街、金花街、站前街，今天内要完成新一轮全员核酸检测，邀请区域内市民群众配合。据悉，自5月26日启动重点区域全员核酸排查以来，截至6月2日24时，广州全市累计核酸采样781.76万份，其中682.92万份结果为阴性，已发现阳性29人。
