客观来说，酸奶、益生菌、益生元等产品虽广受追捧，但种类繁多且功效说明纷繁，让人头晕目眩，现在我们来理清它们之间的区别。
肠道菌群是肠道内细菌、病毒、真菌等的总称，总重量超过1.5kg，为人体提供了额外的约60万个基因，并可分为益生菌、条件致病菌和致病菌三大类。
在健康状态下，人体会自然筛选并容纳特定细菌于肠道中，以利用其生物屏障功能、支持免疫系统的正常反应并维持人体生理代谢的平衡。然而，当肠道微生态的平衡被打破，便会导致肠道菌群失调，进而产生一系列的身体不适。
益生菌作为肠道菌群的重要组成部分，主要由双歧杆菌、乳酸杆菌等厌氧微生物构成。它们紧密附着于肠道黏液层，不仅有助于食物的消化吸收和肠道的蠕动，还能有效抵御致病菌的侵袭，并分解体内的有害物质。
随着益生菌研发技术的不断进步，益生菌菌种日益丰富。目前，已获得批准并广泛应用的菌种包括长双歧杆菌、短双歧杆菌、德氏乳杆菌保加利亚种、嗜酸乳杆菌等，总计达二十余种。
酸奶的主要菌种是乳酸菌，而益生元是那些有益健康但不被人体直接吸收，而是被肠道微生物选择性利用以改善其构成与活性的食物成分（如低聚果糖、菊粉等），它们虽不直接成为肠道菌群的一部分，却是益生菌的得力助手。
益生元虽与益生菌有关联但非同类，常被误认；重点在于益生菌，包括酸奶中的乳酸菌和双歧杆菌，但需注意益生菌有食品级与药品级之分，前者促进消化、调节肠道菌群，后者用于治疗疾病；益生菌保健补充剂与酸奶中的乳酸菌在功效和应用上存在显著差异。
酸奶的主要菌种如乳酸菌和德氏乳杆菌保加利亚种，其主要功效在于分解牛奶或奶粉中的蛋白质，促进营养物质的吸收。而益生菌，如嗜酸乳杆菌和乳双歧杆菌，则能在肠道内“安家落户”，通过抑制有害菌和致病菌来增强人体的免疫力。
酸奶是在制作过程中将乳酸菌菌种添加到牛奶或奶粉中，并在特定条件下发酵制成，使用鲜牛奶制作的通常称为酸牛奶，而使用奶粉的则有多种名称；而益生菌的生产则涉及恒定的温度湿度控制、水解、发酵工艺以及冷却萃取等复杂流程。
酸奶中的菌种在消化道内尤其是结肠才能发挥作用，但在胃脏时受胃酸影响数量锐减；而益生菌制品的菌种经过冷冻干燥处于休眠状态，口服后在肠道被唤醒并发挥作用。
酸奶作为食品适用于大多数人，但益生菌则分为食品级和药品级，食品级需仔细阅读说明书，药品级则需在专业医生指导下正确服用，以调节肠道菌群并达到满意的疗效。